最全白血病單細胞基因表達圖譜新鮮出爐
藥明康德 · 2017/01/18
1月17日,基因組生物技術公司10x Genomics宣布,一項使用該公司的Chromium?Single Cell 3’平臺的研究結果在《自然》子刊《Nature Communications》雜志上得以發表。這個與Fred Hutchinson癌癥研究中心的研究人員合作的項目,使用強大的基因組測序技術獲得了大批高質量單細胞表達測量,有助于發現基因表達動力學和單個細胞類型的分子譜系。


1月17日,基因組生物技術公司10x Genomics宣布,一項使用該公司的Chromium?Single Cell 3’平臺的研究結果在《自然》子刊《Nature Communications》雜志上得以發表。這個與Fred Hutchinson癌癥研究中心的研究人員合作的項目,使用強大的基因組測序技術獲得了大批高質量單細胞表達測量,有助于發現基因表達動力學和單個細胞類型的分子譜系,題為“單一細胞的大規模平行數字轉錄譜分析(Massively parallel digital transcriptional profiling of single cells)。

“早期的單細胞RNA測序方法對許多實驗室來說是有挑戰性的,包括我們自己。因此,我們與10x Genomics公司合作,幫助驗證和定制其單細胞RNA測序平臺,拓展單細胞轉錄組學在生物學基礎研究和臨床研究中的潛力,”該文的通訊作者、Fred Hutchinson癌癥研究中心的Jason Bielas博士說道:“10x Genomics單細胞分析的速度、可重復性和高細胞捕獲效率使我們能夠準確地分析從那些經歷過多輪化療、移植調節和免疫抑制的急性骨髓性白血病患者中分離的脆性骨髓樣品?!?/p>


用于單細胞RNA測序的現有方法在擴展到數萬或更多細胞的吞吐量時面臨實際挑戰。10x Genomics通過提供創新的基因組平臺來改變測序的定義,從而顯著升級現有測序技術的能力。這是通過新的微流體科學、化學和生物信息學的結合而實現的。當前基于實驗平板的方法需要耗時的熒光激活細胞分選(FACS),必須單獨處理的許多板塊?;谖⒘黧w的平臺利用細胞的機械捕獲,但其吞吐量和細胞捕獲效率受到限制。學術界的基于液滴的技術使得能夠在單個實驗中處理數萬個細胞,但是不能有效地實施或縮放。公布的數據表明,Chromium Single Cell 3'解決方案可以解決單個測定中的這些缺點,具有高的細胞捕獲效率和靈活的通量,從而為單細胞RNA測序提供更可擴展和更強大的平臺。


為了演示Chromium Single Cell 3'解決方案平臺的技術性能和應用,研究人員從29個樣本中收集了大約25萬個單細胞的轉錄組數據。結果顯示該系統對單細胞RNA測序具有優越的可擴展性和高質性,具有與現有方法相當的靈敏度。該系統的快速細胞封裝和高細胞捕獲效率使得能夠分析來自急性骨髓性白血病患者的珍貴臨床樣品。使用Chromium Single Cell 3'解決方案,研究人員在單細胞分辨率下確定宿主和供體嵌合現象,并比較移植前后患者的免疫細胞亞群變化。


▲10x Genomics的聯合創始人兼首席執行官Serge Saxonov博士(圖片來源:10x Genomics官網)

10x Genomics的聯合創始人兼首席執行官Serge Saxonov博士說道:“當我們了解到Bielas博士和他的團隊在使用10x平臺時取得的成功,我們感到非常激動。這項發表的研究驗證了我們的系統,并且突出了從快速和可擴展的單細胞分析可以獲得嶄新見解。我們期待更多的這類研究和對各種臨床應用的潛在影響?!?/p>

單細胞RNA測序數據可從http://support.10xgenomics.com/single-cell/datasets獲得。

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